Skala populasi 5′ scRNA-seq mengidentifikasi 21 tipe sel dan ribuan gen yang disambung secara alternatif per tipe sel. Kredit: Genetika Alam (2024). DOI: 10.1038/s41588-024-02019-8
Ahli biologi komputasi dari National University of Singapore (NUS) telah menemukan bagaimana penyambungan RNA – sebuah proses kunci untuk ekspresi isoform dan keragaman protein – diatur dalam berbagai jenis sel dalam darah tepi. Penemuan penting ini membantu menjelaskan bagaimana perbedaan genetik pada individu berkontribusi terhadap kecenderungan mereka terhadap penyakit kompleks seperti lupus eritematosus sistemik (SLE) dan penyakit Graves (GD).
Proyek ini dilakukan sebagai bagian dari konsorsium Asian Atlas of Immunological Diversity (AIDA), yang menggunakan profil ekspresi gen sel tunggal tingkat populasi lebih dari satu juta sel imun (PBMC) dari lebih dari 600 donor Asia di lima negara untuk memahami bagaimana gen dan lingkungan membentuk kita berbeda satu sama lain dan mempengaruhi kesehatan kita.
Penelitian tersebut merupakan penelitian kolaborasi dengan A*STAR Genome Institute of Singapore (GIS), Samsung Genome Institute, RIKEN Center for Integrative Medical Sciences, dan Nanyang Technological University. Studi ini dipublikasikan sebagai artikel sampul di jurnal Nature Genetics pada 3 Desember 2024.
Penyambungan alternatif (AS) adalah mekanisme pengaturan mendasar dalam pemrosesan RNA (mRNA), dan penyambungan abnormal adalah penyebab utama kelainan genetik. Untuk memahami regulasi genetik penyambungan, upaya sebelumnya seperti proyek Genotype-Tissue Expression (GTEk) terutama berfokus pada pengukuran tingkat jaringan, dan upaya ini menunjukkan bahwa jaringan yang berbeda memiliki pola regulasi penyambungan yang berbeda.
Namun, hal ini menimbulkan pertanyaan yang menarik: apakah regulasi penyambungan genetik yang terkait dengan penyakit hanya terjadi pada satu atau beberapa jenis sel? Untuk menjawab pertanyaan penelitian ini, hambatan utama adalah kurangnya kumpulan data resolusi tipe sel yang besar dalam populasi yang sesuai untuk analisis penyambungan dan jalur analitik yang sesuai.
Selain itu, populasi Asia kurang terwakili dalam penelitian genetik skala besar. Misalnya, orang Asia hanya berjumlah 1,3% dari kumpulan data GTEx, sedangkan individu keturunan Eropa berjumlah 84,6%. Sebuah penelitian terbaru menunjukkan bahwa keturunan bisa menjadi faktor utama yang mempengaruhi temuan regulasi genetik, terutama karena perbedaan frekuensi alel. Hal ini menyoroti kebutuhan mendesak akan studi genetika yang dapat mewakili keragaman leluhur dengan lebih baik.
Untuk mengatasi kesenjangan penelitian ini, tim peneliti yang dipimpin oleh Asisten Profesor Liu Boqiang, dengan penulis utama Tian Chi, Zhang Yuntian dan Tong Yihan, dari Departemen Farmasi dan Ilmu Farmasi di Fakultas Sains NUS, menggunakan RNA sel tunggal AIDA – kumpulan data detik untuk dianalisis penyambungan tipe sel tertentu.
Makalah ini menyajikan analisis komprehensif pertama tentang regulasi penyambungan dalam kumpulan data skala populasi dan data sel tunggal yang disambung secara genetik. Associate Professor Liu bekerja di Departemen Informatika Biomedis dan Program Kedokteran Presisi Translasi di Fakultas Kedokteran NUS Yong Loo Lin dan merupakan Associate Chief Scientist di bidang GIS.
Kumpulan data RNA-seq sel tunggal Atlas Keanekaragaman Imunologi Asia (AIDA).
AIDA Data Freeze v.1 mencakup hingga 21 subtipe sel imun untuk penyambungan alternatif yang bergantung pada konteks dan analisis lokus sifat kuantitatif (sKTL). Sampel darah dalam kumpulan data ini dikumpulkan dari 503 donor sehat dari berbagai keturunan Asia, yang mencakup Asia Timur, Tenggara, dan Selatan. Keanekaragaman ini memungkinkan pengamatan regulasi penyambungan genetik spesifik Asia. Misalnya, telah diidentifikasi bahwa sKTL gen TCHP dapat mempengaruhi risiko penyakit Graves pada populasi Asia Timur.
Berkat kedalaman pengurutan rata-rata yang tinggi dan efek “lukisan ekson” (transkripsi terbalik yang tidak lengkap bersama dengan pembelahan mRNA stokastik dan rekap yang menciptakan beberapa ujung 5') yang ditangkap oleh persiapan perpustakaan 5', data AIDA scRNA-seq mempertahankan sebagian besar dari urutan mRNA, yang membuatnya sangat cocok untuk analisis merger.
Kekhususan tipe sel dalam regulasi penyambungan
Studi ini mengungkapkan peristiwa luas yang bergantung pada konteks yang seringkali spesifik pada tipe sel. Khususnya, isoform SPSB2 mRNA yang bias nenek moyang, kemungkinan didorong oleh perbedaan frekuensi alel antar populasi di rs11064437, tidak dijelaskan dalam anotasi gen kanonik. Hal ini menyoroti kurangnya keragaman leluhur dalam database beranotasi yang banyak digunakan.
Penyambungan tidak hanya spesifik pada tipe sel, namun regulasi genetiknya juga spesifik pada tipe sel. Secara terminologis, sKTL merupakan varian genetik yang mempengaruhi penyambungan transkrip RNA. Studi ini mengungkapkan 11.577 cis-sKTL independen dan 607 trans-sKTL dalam 19 subtipe PBMC, dan banyak di antaranya adalah tipe sel spesifik dan terkait penyakit.
Implikasi pada penyakit dan validasi eksperimental
Temuan ini telah memberikan sumber daya unik untuk mengidentifikasi varian genetik dan mekanisme molekuler yang mendasari sifat dan penyakit kompleks. Para peneliti telah menunjukkan bahwa penyakit dapat dikaitkan dengan penyambungan dengan menunjukkan kontribusi signifikan efek cis-sKTL terhadap penyakit autoimun dan inflamasi.
Mereka juga mengidentifikasi 563 gen risiko yang diduga. Misalnya, sKTL khusus Asia ditemukan mengganggu lokasi sambungan 5' TCHP ekson empat yang diduga memodulasi risiko penyakit Graves pada populasi Asia Timur. Efek sKTL dikonfirmasi menggunakan percobaan minigene pada sel K562.
Profesor Liu berkata: “Studi kami menetapkan peta jalan untuk analisis regulasi penyambungan sel tunggal di tingkat populasi dan memberikan wawasan tentang pengembangan terapi pengubah penyambungan.”
Peta sKTL khusus tipe sel ini merupakan tonggak sejarah dalam genetika manusia dan penemuan target obat untuk penyakit kompleks terkait penyambungan. Sementara itu, contoh-contoh yang diberikan dalam analisis tersebut dengan kuat menunjukkan pentingnya keragaman leluhur dalam penelitian genetika manusia.
Untuk melanjutkan penelitian ini, tim berencana menggunakan teknologi sel tunggal untuk menyelidiki lebih banyak jaringan seperti otot dan lemak. Penelitian yang sedang berlangsung sangat menjanjikan dalam mengungkap mekanisme molekuler yang lebih rinci pada penyakit kompleks dengan resolusi sel tunggal.
Informasi lebih lanjut: Chi Tian dkk, Pengurutan RNA sel tunggal darah tepi menghubungkan regulasi penyambungan spesifik tipe sel dengan penyakit autoimun dan inflamasi, Nature Genetics (2024). DOI: 10.1038/s41588-024-02019-8
Disediakan oleh Universitas Nasional Singapura
Kutipan: Peneliti Mengungkap Hubungan Spesifik Tipe Sel Antara Penyambungan Alternatif dan Warisan Penyakit Autoimun (2024, 4 Desember) Diakses pada 4 Desember 2024, dari https://medicalkpress.com/nevs/2024-12-cell-special-link – alternatif – bergabung.html
Dokumen ini memiliki hak cipta. Kecuali untuk transaksi wajar untuk tujuan studi atau penelitian pribadi, tidak ada bagian yang boleh direproduksi tanpa izin tertulis. Konten disediakan untuk tujuan informasi saja.
Keluarga Bahagia
pekerjaan demi keluarga
Informasi mengenai KING SLOT, Segera Daftar Bersama king selot terbaik dan terpercaya no satu di Indonesia. Boleh mendaftar melalui sini king slot serta memberikan hasil kembali yang paling tinggi saat sekarang ini hanyalah king slot paling gacor, gilak dan gaco saat sekarang di Indonesia melalui program return tinggi di kingselot serta pg king slot
matahari88slot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://matahari88slot.com/
mama88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://mama88.asia/
loker88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://loker88.biz/
line88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://line88.social/
lelang88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://lelang88.asia/
legend88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://legend88.org/
laundry 88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://laundry88.org/
laundry 88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://laundry88.net/
kota88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kota88.asia/
kawat88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kawat88.net/
kakaotalk permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kakaotalk.pro/
kaca88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kaca88.asia/
jualbeli88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://jualbeli88.com/
indonesiafc88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://indonesiafc88.com/
indofood88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://indofood88.com/
guru88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://guru88.asia/
grabpay88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://grabpay88.org/
grab88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://grab88.info/
gopay88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://gopay88.info/
gold88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://gold88.asia/
gofood88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://gofood88.com/
gelas88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://gelas88.info/
eth88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://eth88.org/
emas88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://emas88.biz/
blockchain88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://blockchain88.net/
baik888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://baik888.net/
bagus888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://bagus888.info/
anorganik88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://anorganik88.com/
panen96 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://panen96.net/
panen96 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://panen69.info/
panen96 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://panen69.asia/
selot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://selot.info/
selot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://selot.asia/
samsung88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://samsung88.asia/
raksasa88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://raksasa88.info/
iphone88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://iphone88.asia/
gm88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://gm88.news/
selot permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://selot.biz/
topdewa88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://topdewa88.com/
ebook88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://ebook88.org/
ebook88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://ebook88.net/
sensor88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://sensor88.asia/
mpo2288 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://mpo2288.net/
lembaga88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://lembaga88.net/
inti88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://inti88.biz/
dokumen88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://dokumen88.com/
baik88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://baik88.asia/
bagus888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://bagus888.asia/
tiktok888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://tiktok888.info/
registrasi88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://registrasi88.net/
registrasi88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://registrasi88.com/
pstmi88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://pstmi88.com/
lionsclubs88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://lionsclubs88.com/
kompas88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kompas88.asia/
jeruk333 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://jeruk333.com/
james88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://james88.net/
fb888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://fb888.site/
detik888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://detik888.asia/
david88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://david88.net/
danautoba88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://danautoba88.com/
tebar88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://tebar88.asia/
slotbom777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://slotbom777.asia/
padi88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://padi88.com/
padi77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://padi77.asia/
muara88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://muara88.asia/
muara77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://muara77.asia/
maxwin777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://maxwin777.asia/
bigpot888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://bigpot888.org/
bigpot888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://bigpot888.net/
sumo88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://sumo88.net/
sumo77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://sumo77.org/
sumo77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://sumo77.net/
sjo88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://sjo88.asia/
sjo77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://sjo77.asia/
kudetabet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kudetabet88.asia/
kudeta99 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kudeta99.asia/
kudeta988 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kudeta988.com/
kudeta88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://kudeta88.asia/
fufufafa permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://fufufafa.org/
bahagia88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://bahagia88.org/
bahagia77 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://bahagia77.club/
angin777 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://angin777.inf/
sunda88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://sunda88.org/
slotcc88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://slotcc88.com/
poskobet88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://poskobet88.com/
nuri88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://nuri88.asia/
janjiwin88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://janjiwin88.com/
top99 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://top99.asia/
top888 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://top888.info/
terbaik99 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://terbaik99.com/
terbaik88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://terbaik88.asia/
pornhub88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://pornhub88.org/
pornhub88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://pornhub88.com/
plastik88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://plastik88.com/
partai88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://partai88.asia/
panas88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://panas88.info/
minimal88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://minimal88.net/
minimal88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://minimal88.com/
merk88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://merk88.net/
merk88 permainan paling top dan garansi imbal balik hasil besar bersama https://merk88.com/
